Op de gronden met bestemming natuurgebied die het Vlaams Gewest kon aankopen, starten in 2026 de eerste werken in functie van het hydrologisch herstel van het habitatrichtlijngebied De Zegge. De drainage van het voormalig agrarisch gebied leidde tot een structurele verdroging en afbraak van veen in de natuurgebieden van De Zegge en de Mosselgoren. Het dempen van een aantal ontwateringssloten is een eerste belangrijke stap om naar een hydrologisch herstel te kunnen gaan.

In april 2026 vraagt de Vlaamse Landmaatschappij een omgevingsvergunning aan voor het dempen van perceelsgrachten en een recreatieve vijver in het natuurgebied. Ter voorbereiding nam het onderzoeksbureau Nature Tomorrow bodemstalen in gebied om de bodems in de voormalige landbouwbodems te analyseren. Zo wordt via onderzoek en monitoring nagegaan welke invloed de vernatting heeft op de mobilisatie van fosfaat in de bodem. Bij natuurontwikkeling op voormalige landbouwgronden kan de mobilisatie van opgebouwde fosfaatvoorraden immers een probleem vormen omdat het leidt tot verruiging (eutrofiëring).

De bestaande afwaterende sloten in De Zegge worden op dit moment nog niet gedempt of verwijderd. Deze ringsloten zullen een groot deel van het (oppervlakte)water dus nog steeds kunnen afvoeren.